La Sèvre niortaise s’écoule sur 158 kilomètres, dont 21,5 km à Niort. Elle prend sa source à Sepvret et se jette dans l'océan atlantique, dans la baie de l'Aiguillon.

L'Institution interdépartementale du bassin de la Sèvre niortaise (IIBSN) assure l'entretien des berges et du lit du fleuve sur toute sa partie navigable (domaine public fluvial), en aval de la cale du port à Niort. En amont, sur le territoire de Niort, ce sont les propriétaires privés et la Ville qui en ont la charge, sur leurs parcelles respectives.

La Ville veille quotidiennement sur la Sèvre niortaise. Le service des espaces verts la débarrasse des arbres ou branches mortes susceptibles d’entraver son cours. Le service voirie assure le bon fonctionnement des ouvrages hydrauliques.

La Sèvre niortaise constitue l'axe majeur de la biodiversité niortaise.

• Le fleuve accueille 61 espèces d'oiseaux : grèbe castagneux, cygne tuberculé, canard colvert, poule d'eau, foulque macroule, martin-pêcheur d'Europe...
• Au moins 20 espèces de poissons sont présentes, dont le brochet, la truite de mer, le saumon atlantique et l'anguille européenne.
• Plusieurs espèces de mammifères semi-aquatiques ont été signalées : la loutre d'Europe, espèce protégée et d'intérêt européen, la musaraigne aquatique, protégée au niveau européen, le campagnol amphibie.
• Différentes espèces de chauves-souris, mais aussi de couleuvres aquatiques, l'utilisent comme terrain de chasse.
• Enfin, on trouve sur la Sèvre 42 espèces de libellules, dont 11 espèces patrimoniales. Le gomphe de Graslin et la cordulie à corps fin sont d'intérêt européen.

La rivière Le Lambon parcourt 39 km, entre la Couarde, en Pays Mellois, et sa confluence avec la Sèvre niortaise, juste en aval de la source du Vivier. Elle serpente dans une vallée riche en prairies et bosquets.

De juin à octobre, le Lambon présente des assecs réguliers. Son niveau d'eau se réduit par endroits à quelques flaques. En hiver, les crues, souvent courtes, inondent le fond de la vallée, interdisant ainsi toute urbanisation. L'alternance de crues et d'assecs favorise l'accueil d'une faune et d'une flore spécifique.

Les amphibiens (crapaud accoucheur, grenouille verte) apprécient les eaux calmes du Lambon et son environnement bocager. Quelques espèces s'y reproduisent, comme le Pélodyte ponctué, qui n'est présent à Niort que sur ce cours d'eau. Des reptiles ont également été observés, comme la Couleuvre à collier qui y trouve un réservoir alimentaire, mais aussi plusieurs espèces patrimoniale de libellules (agrion blanchâtre, notamment) qui se reproduisent dans son lit. Cette rivière présente aussi un intérêt pour les oiseaux en période hivernale, notamment pour l’aigrette garzette, la bouscarle de Cetti et le chevalier guignette. Côté flore, les importants massifs de cresson qui se développent dans son lit ont fait la réputation du Lambon.

Les marais niortais (marais de Galuchet et de la Plante, marais de Saint-Rémy, grand marais de Bessines) font partie intégrante du Marais poitevin, deuxième zone humide de France après la Camargue.

Ils constituent une des unités écologiques les plus diversifiées de la ville. Ils accueillent de très nombreuses espèces d'oiseaux et de mammifères, et plusieurs espèces protégées comme:

• la loutre d’Europe,
• le campagnol amphibie,
• la noctule de Leisler, la noctule commune, le murin à moustaches et le murin de Daubenton (chauves-souris),
• l'agrion mignon (libellule),
• l'hottonie des marais, plante patrimoniale présente dans les conches et les zones de marnage.

Le bocage niortais est issu d'une longue tradition du pâturage. Son paysage n'a rien d'uniforme et c'est ce qui fait toute sa richesse : prairies bordées de haies, fossés,  mares, talus... Connectés entre eux, ces milieux forment un maillage favorisant le déplacement et les rencontres des espèces (papillons, mammifères, amphibiens...). Refuge, alimentation, reproduction, chacune y trouve son compte et surtout son équilibre.

Un réservoir de biodiversité a été identifié dans chacun des deux grands secteurs bocagers niortais : la Coudraie, dans la vallée du Lambon et la Fiallerie à Saint-Florent.

Dans ces prairies entourées de haies, l'élevage bovin domine. De nombreuses parcelles également sont utilisées pour des chevaux ou comme prairies de fauche.

C'est la biodiversité ordinaire qui fait la richesse de ce milieu. On y retrouve :

• des oiseaux nicheurs, dont la tourterelle des bois et la huppe fasciée,
• des mammifères, comme la genette et le putois,
• des reptiles,
• des amphibiens,
• et des fleurs de prairies, réserve importante de nectar et de pollen pour les insectes butineurs

Les mares et étangs

Les mares se font rares aujourd'hui. Elles avaient été créées pour alimenter le bétail. Avec la régression de l'élevage traditionnel, elles ont perdu leur utilité initiale. Beaucoup ont fini par se combler et disparaître. Celles qui subsistent, en prairie et en forêt, sont fragiles et menacées. Il est important de les préserver car elles offrent des conditions de vie idéales à de nombreuses espèces animales et végétales :

• les libellules peuvent y accomplir leur cycle de vie, de l'état larvaire au stade adulte;
• les amphibiens peuvent y effectuer leur reproduction.

La plaine est le paysage qui occupe la plus grande part du territoire de la ville de Niort : de grandes parcelles cultivées, quelques arbres, des haies...

A partir des années 1950-1960, avec la mécanisation des outils agricoles, les parcelles s'agrandissent. Les haies, talus, bosquets et murets sont supprimés. Dans les années 1980, la spécialisation de l'agriculture entraîne la progression des grandes cultures au détriment des prairies et  de la biodiversité.

De nombreux oiseaux, protégés au niveau européen, nichent dans ces milieux ouverts : outarde canepetière, busard cendré, oedicnème criard... Les plantes messicoles, comme le bleuet et certains coquelicots, commencent à réapparaître sur des parcelles où aucun produit chimique n'est épandu. Des pratiques agricoles plus respectueuses des cycles biologiques des espèces permettent aux chaînes alimentaires de se remettre en place.

La plaine de l'aérodrome:

La création de l’aérodrome à partir de 1910 a permis le développement de la plus importante pelouse sèche calcaire de la ville. Cet espace semi-naturel de 150 ha n'a pas évolué au même rythme que la plaine environnante.

Sa gestion par fauche a favorisé le développement d'une flore originale : de nombreuses plantes méditerranéennes comme l'origan et le thym sauvage, mais aussi plusieurs variétés d'orchidées sauvages dont l'orchis pyramidal et l'ophrys araignée. De très nombreuses espèces de papillons y ont également été recensées, dont quatre espèces patrimoniales : l'azuré du serpolet, la mélitée orangée et la mélitée des scabieuses, et le demi-argus. Ce site présente aussi un grand intérêt pour les oiseaux nicheurs, migrateurs et hivernants.

La Goupillière:

Plaine céréalière, la Goupillière accueille des oiseaux de très haute valeur patrimoniale. Parmi les oiseaux nicheurs : outarde canepetière, oedicnème criard, busard cendré, busard Saint-Martin, busard des roseaux, gorgebleue à miroir. Parmi les oiseaux hivernants : milan royal, faucon émerillon, faucon pélerin, grue cendrée, pluvier doré, vanneau huppé, hibou des marais.

On y trouve aussi des mammifères : lièvres, fouines, campagnols des champs, chevreuils...

Plusieurs types de végétations s'y épanouissent : plantes des moissons (bleuet, coquelicot, folle avoine, peigne de Vénus, miroir de Vénus) et plantes annuelles (dont le plantain scabre, espèce menacée en Poitou-Charentes).

Les deux principales vallées sèches de Niort sont :

• la vallée de Buffevent-Torfou, utilisée en prairie de fauche; 
• la vallée de Vignon, constituée essentiellement de prairies bocagères, et encore utilisée pour le pâturage bovin.

Situées dans les anciens méandres de la Sèvre niortaise, elles offrent un paysage étonnant où règne une ambiance quasi méditerranéenne: chant des cigales et des grillons, végétation brûlée par le soleil, roche calcaire affleurante, nombreux papillons et reptiles...

Ce paysage se distingue par un fond de vallée en prairies et des coteaux abrupts sur lesquels la végétation a poussé.

Les vallées sèches présentent un intérêt biologique de la plus grande importance en particulier pour la flore. Pas moins de 155 plantes y ont été observées. On y retrouve une flore caractéristique du climat méditerranéen, notamment du thym sauvage et quelques orchidées sauvages, dont l'orchis homme pendu, espèce patrimoniale et emblématique de ce milieu.

Elles accueillent également

• une grande diversité de papillons de jour, avec 47 espèces répertoriées (dont l'azuré du serpolet, la mélitée orangée, la mélitée des scabieuses, le demi-argus)
• des reptiles
• des oiseaux
• des chauves-souris
• des mammifères, dont la genette, l'écureuil roux et le hérisson qui sont protégés

Ces milieux particuliers et fragiles n'ont pas toujours été reconnus à leur juste valeur. Considérées comme peu productifs, ils ont longtemps fait l'objet de remblaiements et de dépôts sauvages.